郭店竹書即荊門郭店1號楚墓出土竹簡，包括十多篇戰國中期楚地流行的儒家、道家著作，是迄今所見最重要的楚簡資料之一。《郭店竹書別釋》是對這批資料文本復原和內涵研究的一部考據性專著。
　　《別釋》正文在緒言之外，共分16章。 緒言題為“文本復原是一項長期艱巨的工作”，交待研究意旨和方法。16章大致分三種類型：一為零識，如第一章“《老子》甲組零識”、第三章“《緇衣》零識”、第四章“《魯穆公問子思》零識”、第五章“《窮達以時》零識”、第六章“《五行》零識”、 第八章“《忠信之道》零識”、第十四章“《語叢一》零識”、第十五章“《語叢三》零識”， 是對各篇竹書有選擇的局部考訂。 二為校釋，如第二章“《太一生水》校釋”、第七章“《唐虞之道》校釋”、第十章“《大常》校釋”、 第十一章“《德義》校釋”、第十二章“《刑賞》校釋”、第十三章“《性自命出》諸簡編連問題及校釋”、第十六章“《語叢四》校釋”， 是對通篇竹書的系統校勘和考釋。第三種專門討論編連問題， 如第九章“《大常》、《德義》、《賞刑》三篇的編連問題”，以及第十三章的前面部分。因為採取這種比較自由的篇章結構， 所以能夠專注於那些有興趣、有體會的問題，闡發新義而少費筆墨，呈現出與考據學主旨對應的文字風格和表現形式。
　　《別釋》的基本觀點和理論創新主要表現在五個方面：
　　（1）釋出一些疑難字。如《緇衣》18號簡中一字，原釋文以為從糸弁聲，讀為“變”。小書指出此字即《說文》緐（繁）字或體，當釋為“繁”， 與傳世本“煩”字音同義通（P27）。《唐虞之道》7號簡和《語叢一》103號簡有同一個字，原釋為從方從蟲之字，讀為“方”或“妨”，小書據《說文》“殺”字古文與《古文四聲韻》卷5所引《崔希裕纂古》“殺”字， 將此字改釋為“殺”，指衰減， 《語叢一》103號簡所記“禮不同、不豐、不殺”適與《禮記?禮器》所記孔子語相同（P65、217）。《唐虞之道》7～8號簡說：“孝，仁之大也。番，義之至也。” “大”原釋為“免”，難以講通。小書通過對楚簡中“免”、“大”二形的羅列比較，指出此形實為“大”字， “仁之大”與“義之至”正好相對（P66）《六德》12號簡說“雖在草茅之中”，“草茅”原釋文疑釋為“山嶽”。小書結合楚簡中山、屮二形的區別，將二字改釋為“草茆”，讀為“草茅”，指草野、民間（P116）。
　　（2）考稽一些詞語的真正含義。如《老子》甲組19號簡說：“天地相合也，以逾甘露。”“逾”字原注釋訓為“雨小書聯繫《國語?吳語》越滅吳之役的記載和《鄂君啟節》銘文，推定“逾”字有“下”一義，與傳世本的“降”字義通（P19）。《五行》21號簡說：“不弁不悅，不悅不戚……”“弁”原釋文讀為“變”，論者或讀為“戀”。 小書從《詩?小雅?小弁》“弁彼鸒斯”著眼，說明“弁”有喜樂義， 正與“悅”字相關（P53）。《唐虞之道》記虞舜及其大臣的事蹟。 12號簡“畏守樂”原無注。小書指出畏、夔音近可通， 《大戴禮記?五帝德》等書記帝舜功臣有“夔作樂”，與竹書略合（P67）。《語叢三》41號簡說：“同（從辶），哀也。三同（從辶），文也。” 原注釋無說，裘錫圭先生疑“同（從辶）”讀為“慟”。小書指出同、甬古音相近， 此字很可能讀為“踴”，跳躍義，又特指喪禮中的跳躍；簡文與《禮記》《問喪》、《檀弓》諸篇所載相合（P221）。
　　（3）調整多處編連，使簡序更為準確。如《尊德義》39號簡原列於篇末。此簡文字一直寫到簡尾，既沒有終篇標識，也沒有留出空白，不會是最後一簡。小書從內容和文句兩個角度考慮，將39號簡移于17號簡之上， 其中一段話寫作：“凡動民必訓民心。民心有極，求其養。踵義集理，言此章也，（39號簡）行此文也，然後可愉也。（17號簡）”“言此章也”、“行此文也”是很規範的排比句，並且“言”與“行”、 “章”與“文”兩兩相對，彼此銜接非常順暢（P167）。郭店《語叢一》31號簡原與32號簡編連， 讀作：“禮因人之情而為之，（31號簡）善裏（理？）而後樂生。（32號簡）”又有97號簡，原釋文讀作：“節，囗者也。” 《禮記?坊記》說：“禮者，因人之情而為之節文，以為民坊者也。”小書以此為據，將31號簡與97號簡編連起來，讀作：“禮因人情而為之節囗者也。”（P209）
　　（4）提出某些篇章調整的建議。原名《成之聞之》、《尊德義》、《六德》、《性自命出》的四篇竹書，竹簡長度和形制相同，都是儒家著作。作為階段性成果， 論文《關於郭店楚簡〈六德〉諸篇編連的調整》對四篇竹書作有篇際之間的調整，引起熱烈討論。小書吸收同行意見，並參考上博簡《性情論》（與郭店簡《性自命出》略同）的文本狀況，分二章討論了這四篇的編連問題。 第十三章比照上博簡《性情論》，將《性自命出》分為三大部分，其順序改為先是1～36號簡，其次是50～67號簡，最後是37～49號簡。第九章從字形、文句著手，辨明其他三篇存在彼此調整的空間。
　　（5）在研究方法上，《別釋》將文本復原作為楚簡研究的一項重要任務提出，以文本復原與內涵探究並重、互動，並探討其具體工作路徑和規範， 注重字形與文例、尤其與傳世古書彼此勘驗，具有一定的新意和影響。
《別釋》出版後，劉釗（《讀〈郭店竹書別釋〉》，《書品》2003年第6期）、劉樂賢（《讀〈郭店竹書別釋〉》，《中國史研究動態》2004年第2期）、顏世鉉（《〈郭店竹書別釋〉讀後》，[臺北]《古今論衡》第9期，2003年）撰有書評，給予好評和肯定。劉樂賢指出：《郭店竹書別釋》篇幅不大，“但它的學術價值即在竹書文本復原方面的貢獻卻十分顯著遠非其他概論性或集釋性書籍能比。”顏世鉉指出：“其見解，有的已成為不刊之論，得到學界的普通認同； 有的則是非常具有啟發性的意義，對於問題的解決，提供了重要的動力。”
　　《別釋》的有些章節在先前曾以單篇論文發表， 反響強烈。如《〈語叢〉一、三中有關禮的幾條簡文》（《郭店楚簡國際學術研討會論文集》，湖北人民出版社2000年）對《語叢一》31、97號簡的綴聯，即得到裘錫圭（《中國古典學重建應該注意的問題》，《北京大學中國古文獻研究中心集刊》2，北京燕山出版社2001年）、 李學勤先生（《〈語叢〉與〈論語〉》， 《清華大學思想文化研究所集刊》第2輯，清華大學出版社2002年）肯定和引述。 李零先生《郭店簡楚簡校讀記》一書，則有更多的引述（北京大學出版社2002年）。