① 著作：
    林清源：《簡牘帛書標題格式研究》，（臺北）藝文印書館2004年。
    林清源：《兩周青銅句兵銘文彙考》，（臺北）花木蘭文化出版社2012年。
    ② 論文：
    林清源：〈王力上古漢語聲調說述評〉，《東海中文學報》第7期，1987年。
    林清源：《兩周青銅句兵銘文彙考》，臺中：東海大學中文研究所碩士論文，1987年。
    林清源：〈《詩「中田有廬」解新探》商榷〉，《東海中文學報》第10期，1992年。
    林清源：〈從「造」字看春秋戰國文字異形現象〉，載《第三屆中國文字學國際學術研討會論文集》，（臺北）輔仁大學出版社1992年。
    林清源：〈戰國「冶」字異形的衍生與制約及其區域特徵〉，載《第二屆國際中國古文字學研討會論文集續編》，香港中文大學中文系1995年。
    林清源：〈《殷周金文集成》新收戰國秦戈考釋〉，載《于省吾教授百年誕辰紀念文集》，吉林大學出版社1996年。
    林清源：〈楚國官璽考釋（五篇）〉，《中國文字》新22期，藝文印書館1997年。
    林清源：〈《殷周金文集成》11383號戈銘文讀序檢討〉，載《第三屆國際中國古文字學研討會論文集》，香港中文大學中文系1997年。
    林清源：《楚國文字構形演變研究》，臺中：東海大學中文研究所博士論文，1997年。
    林清源：〈戰國燕王戈器銘特徵及其定名辨偽問題〉，《中研院史語所集刊》第70本第1分，1999年。又收入《中研院史語所集刊論文類編．語言文字編．文字卷一》，中華書局2009年
    林清源：〈楚國金文書體風格的演變歷程〉，《南大語言文化學報》（新加坡：南洋理工大學）第2卷第2期，1999年。
    林清源：〈欒書缶的時代、國別與器主〉，《中研院史語所集刊》第73本第1分，2002年。
    林清源：〈釋參〉，《古文字研究》第24輯，中華書局2002年。
    林清源：〈睡虎地秦簡標題格式析論〉，《中研院史語所集刊》第73本第4分，2002年。
    林清源：〈馬王堆帛書《十大經》題解〉，《中研院中國文哲研究集刊》第22期，2003年。
    林清源：〈楚國金文資料分期彙編〉，《興大人文學報》第33期，2003年。
    林清源：〈簡牘帛書疑似標題考辨〉，《中國文字》新29期，藝文印書館2003年。
    林清源：〈新舊交替：論楚國文字構形的時代特徵〉，《中研院史語所集刊》第76本第4分，2005年。
    林清源：〈郭店楚簡《語叢四》「」考釋〉，《古文字研究》第27輯，中華書局2008年。
    林清源：〈釋「葛」及其相關諸字〉，《中國文字》新34期，藝文印書館2009年。（初稿曾刊於復旦大學出土文獻與古文字研究中心主辦，出土文獻與古文字研究網，http://www.guwenzi.com/src="/article_pics/pic17/171214/01/image003.jpg">」字的考釋為例〉，載謝明勳、陳俊啟、蕭義玲合編，《中文創意教學示例》，（臺北）里仁書局2009年。
    林清源：〈楚簡《禮記‧緇衣》「茍有車」章的釋讀問題〉，《古文字與古代史》第二輯，中研院史語所2009年。
    林清源：〈上博（七）《武王踐阼》「幾」、「」二字考辨〉，《出土文獻與秦楚文化》（東京：出土資料と漢字文化研究會），第5號，2010年。此文初稿曾刊載於武漢大學簡帛研究中心主辦，簡帛網，http://www.bsm.org.cn/show_article.php?id=1155，2009年10月13日。
    林清源：〈「」、「」考辨——釋「」及其相關諸字〉，《漢學研究》第28卷第1期，2010年。
    林清源：〈《上博七‧鄭子家喪》文本問題檢討〉，《古文字與古代史》第三輯，臺北中研院史語所，2012年。
    林清源：〈九店56號楚墓第1–3號簡考釋〉，《出土材料與新視野：第四屆國際漢學會議論文集》，臺北中研院史語所，2013年。
    林清源：〈《上博九．陳公治兵》通釋〉，《古文字與古代史》第四輯，臺北中研院史語所2015年。
    林清源：楊儒賓、林清源合著，〈「漢字與思維」專輯導言〉，《漢學研究》第33卷第2期，2015年。
    林清源：〈《上博九．陳公治兵》編聯及相關問題〉，《中研院史語所集刊》第86本第3分，2015年。
    林清源： 〈《上博五．季庚子問於孔子》通釋〉，《漢學研究》第34卷第1期，2015年。
    林清源：〈上博九《舉治王天下》第二篇簡文研究〉，《中研院史語所集刊》第87本第4分，2016年。
    林清源：〈上博九「宛丘之眾人」考釋〉，《古文字研究》第31輯，中華書局2016年。